Introducció
Les primeres notícies de Sant Joan de l'Erm són del s. XIII; el 1276 era una capella servida per un ermità i un matrimoni de donats. El 1324 s'hi va establir un priorat de monges benedictines que formaven una sola comunitat amb les de Santa Coloma de Matella (Sant Iscle d'Empordà).
Després de la "Pesta Negra" de 1348 va ésser agregat al monestir de Santa Maria de Vilanera, prop d'Empúries. Sense les monges el santuari continuà sota la cura d'una confraria que aplegava gent de les poblacions de l'entorn. Hi vivien una família d'ermitans i s'hi celebraven aplecs. El culte s'hi va extingir, probablement, al s. XIX.
En el conjunt de ruïnes destaca l'església d'una nau rectangular (amb la volta esfondrada) i campanar d'espadanya al costat nord. A la façana és notable la portada amb decoració esculpida, sobretot els dos petits capitells amb decoració vegetal i zoomorfa. És una construcció renaixentista del segle XVI (la llinda de la porta de la sagristia té gravat l'any 1571). A 'exterior del mur de migdia de l'església hi ha encastada una dovella que té esculpit un escut gòtic que pertany, molt probablement, a
Brunissenda de Roca, que va ésser elegida priora de Sant Joan de l'Erm l'any 1324.
Al sud de la capella hi ha les ruïnes d'altres edificacions: el priorat, la casa de l'ermità i restes del pati amb una cisterna.