Introducció
El orígens del monestir es remunten al segle IX, quan el monjo Sant Daniel morí decapitat a Arles de Provença l'any 888, durant el domini àrab. Els seus deixebles fugiren amb el seu cadàver per evitar que fos llançat al mar. Arribats prop de Girona, l'enterraren en la solitud de la vall Tenebrosa (l’actual vall de Sant Daniel), on aviat començà la veneració de les seves despulles, i s'hi edificà una petita església dedicada a Sant Salvador i Sant Daniel que ben aviat fou la parròquia dels pocs habitants que tenia la vall.
El monestir va ser fundat el segle XI (1018) i va ser construït per ordre de la comtessa Ermessenda i Ramon Borrell a l’espai ocupat per l’antiga església de Sant Daniel. D'aleshores ençà s'hi ha viscut la vida monàstica segons la regla de Sant Benet i encara hi continua. És l'única comunitat benedictina femenina de Catalunya que resideix al mateix lloc on va néixer.